اين مؤسسه داراي شعبه‌هايي  در شهرستان‌ها مي‌باشد. هر شعبه از سه واحد تشكيل شده است كه‌ عبارت‌اند از: واحد خردسالان ، واحد خواهران و واحد برادران. در حال حاضر جامعة‌القرآن با حدود سي‌هزار قرآن‌آموز خردسال، .... قرآن آموز طرح تخصصي و .... قرآن آموز طرح مقطعي، ....شعبه در شهرهاي مختلف كشور تاسيس كرده و با استقبال گسترده‌اي روبرو شده‌است.
اكنون شعب فعال جامعة‌القرآن در شهرهاي زير داير است كه علاقه‌مندان به حفظ قرآن، مي‌توانند در منطقه خود به شعبه مربوطه  مراجعه كرده و از خدمات جامعة‌القرآن‌الكريم بهره‌مند شوند :
آزادشهر، اراك، ازنا، اصفهان، اليگودرز، اهواز، بافت، بافق، برازجان‌‌ ، بوشهر، بوانات، تاكستان،  تهران، خرمبيد، خرمشهر، خرموج ، خميني شهر، خوراسگان، داران، دامغان، دشتستان ، دورود ، رامهرمز، راميان، راور، رشت، رفسنجان، زاهدان، زابل، زرقان،  زرند، زرين شهر، زنجان، ساري، سمنان، سيدان، شهر ري، شوش دانيال،  صومعه‌سرا، شيراز، شهركرد، شاهرود، شهرضا، علي آبادكتول، مزرعه كتول، فاضل آباد، كاشان، قزوين، كاشمر، كرج، كرمان، كلاله، كهنوج، گرگان، گناوه، گنبد، لاله‌جين، لنگرود، مشهد، مرند، مسجد سليمان، ماهدشت‌كرج، مرودشت، مهاجران، مهريز ، ميامي،مينودشت،  نجف‌آباد، نيريز، همدان، ياسوج، يزد  .
 

 
شعب جامعه‌القرآن الكريم